CRISPR-CAS9胞苷和腺苷基础编辑剪接部位的编辑介导初级和永生化细胞中的高效破坏蛋白质

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NAT Communce。2021年4月23日; 12(1):2437。DOI:10.1038 / S41467-021-22009-2。

抽象的

CRISPR-CAS9胞嘧啶和腺苷碱基编辑器(CBE和APE)可以破坏基因而不通过灭活接头位点(BE-剪接)或通过引入过早的止挡(PMSTOP)密码子来引入双链断裂。然而,不存在这些方法的深入比较或用于设计BE - 拼接SGRNA的模块化工具。为了解决这些需求,我们开发拼接器(http://z.umn.edu/splicer)来设计和排名为任何Ensembl注释的基因组的Be-accile Sgrnas,并使用针对TCR-CD3的屏幕对比较T细胞中的中断方法MHC I类免疫突触。在靶向基因中,我们发现靶向剪接供体是最可靠的破坏方法,其次是靶向接头,并引入PMTEP。此外,CBE BE4对中断比ABE ABE7.10更有效,但是通过使用ABE8E来消除这种差异。统称,我们展示了基因破坏的稳健方法,伴随着对基本和翻译研究人员的模块化设计工具。

PMID:33893286.|DOI:10.1038 / S41467-021-22009-2